Als mögliche Ursachen des Bienensterbens kommen allerdings viele weitere Faktoren in Frage: Befall mit Parasiten, Infektionen, Umweltstress, einseitige Ernährung der Bienen in Folge von Monokulturen und Pestizide. Der Schönheitsfehler des Monitorings liege darin, dass 50 Prozent des Projekts von der Industrie (BASF, Bayer und Syngenta) getragen werden.
Diese stellen genau die Pestizide her, die im Verdacht stehen, die Bienen zu schädigen. Die Industrievertreter sitzen im Projektrat, der den Einfluss der Pestizide untersuchen soll und stellen ihre Labore für die Auswertung zur Verfügung. So wird der Fall aus dem Jahr 2008,
bei dem der Einsatz von Beizmitteln am Oberrhein zum Massensterben von 20.000 Bienenvölkern führte, in dem Bericht gar nicht erst erwähnt.
„Das gegenwärtig in der Bundesrepublik durchgeführte Bienenmonitoring ist nicht in der Lage, die wahren Ursachen des Bienensterbens aufzudecken. Zu wenige Bienenvölker wurden für die Untersuchungen ausgewählt, die Anwendung von Pestiziden auf den anliegenden Feldern wird erst gar nicht untersucht und die statistischen Methoden sind wissenschaftlich zweifelhaft. Das ist schlechte Wissenschaft“, sagte NABU-Vizepräsident Christian Unselt.